Kapalı kist ameliyatı, bir diğer adı ile laparoskopik cerrahi, karın boşluğundan kamera sistemi ile karın içi organların gözlemlenmesini kapsayan hem tanı hem de tedavi amacıyla kullanılan bir tekniktir. Kapalı kist ameliyatında kullanılan temel alet teleskoptur. Ameliyat genel anestezi altında gerçekleştirilir. Gerekli durumlarda göbek kısmının altından tekrar mini bir delik açılarak içeri koter, makas ve bistürü gibi aletler yerleştirilerek ameliyata başlanır.

Özellikle yumurtalık kistlerinde kapalı ameliyat ile kolaylıkla kistler yumurtalıklardan sıyrılarak bu yöntem ile alınabilmektedir. Hastadaki kist eğer kötü huylu değilse genelde kapalı yöntem tercih edilir. Ancak tespit edilen kist kötü huylu ise daha çok açık ameliyat tercih edilir. Kapalı kist ameliyatında göbek deliği altı ve kasığa yakın bir yerden 1 cm'ye kadar delikler açılır. Açılan deliklerden mevcut kist çıkarılır. Hastadan açılan deliklerden içeri karbondioksit gazı verilir ve karın şişirilir. Ardından göbek deliği altından tekrar yeni bir delik açılır. Bu delikten içeri trokar adlı boru ilerletilir. Bu boru içinde karın içini ayrıntılı gözlemlemek için bir kamera yerleştirilir. İçeri ilerletilen bu kamera ile karın içi aydınlatılarak dışarıdan monitörden iç organlar izlenir. Gerçekleştirilecek ameliyata göre bir ya da birkaç tane daha trokar yerleştirilebilir. Bu trokarların içerisinden ameliyatı gerçekleştirmek adına farklı aletler ilerletilir. Ameliyat tamamlandıktan sonra kamera ve tüm aletler alınır. Karın içine verilen gaz boşaltılır ve açılan delikler dikilerek kapatılır. Kapalı kist ameliyatında iyileşme süreci açık ameliyata nazaran daha kısadır. Bu nedenle de hem hasta hem de doktor açısından konforlu bir tekniktir. Endometriozis, dermoid kistler, persis fonksiyonel kistler, over kisti torsiyonu gibi durumlarda kapalı ameliyat tercih edilir. Hastanın gebe olması, tespite dilen kistin boyutu, hastanın aşırı kilolu olması, karın içinde kanamanın varlığı gibi durumlarda ise kapalı kist ameliyatı tercih edilmez. Menopoz sonrasında açığa çıkan over kistlerinde tümör markerleri yüksekliği varsa ya da malignite lehine bir bulgu yoksa yine kapalı ameliyat uygulanabilir.

Ameliyat türü açık ya da kapalı hangisi olursa olsun bazen yalnızca bölgedeki kistin alınması yeterli olmayabilir. Kist ile yumurtalığın ve hatta bazen rahminde tamamen alınması gerekebilir. Örneğin, ileri yaşlarda menopoz döneminden sonra kistin nüksetme olasılığın karşı yumurtalığın tamamen alınması gerekebilir. Hastada kötü huylu tümör, nekroze adneksiyal torsiyon varsa yine yumurtalığında alınması gerekebilir.

Kist ile yumurtalık alınmışsa kist tekrarlamaz. Fakat diğer yumurtalıkta kist oluşabilir. Kapalı kist ameliyatında yumurtalık bırakılarak sadece kist alınmışsa aynı yumurtalıkta yine kist gelişebilir. Özellikle çikolata kisti olarak bilinen endometrioma kistlerinde nüksetme daha çok görülür.

Ameliyat genel anestezi altında yapıldığı için anesteziye bağlı bazı riskler yaşanabilir. Karından uygulanan ameliyatlarda ayrıca genital organlarda yapışıklık oluşma ihtimali de vardır. Yapışıklık gelişen organlar tüp ya da yumurtalık çevresinde ise yakın organlarda fonksiyon bozukluklarına yol açabilir. Hasta bu yapışıklık nedeniyle kısırlık problemi yaşayabilir. Kapalı kist ameliyatı sadece kadın hastalıklarında değil daha pek çok organda gelişen kistler için de uygulanabilir.