Yumurtalık kistlerinin çıkarılması için açık veya laparoskopik (kapalı) ameliyat yöntemleri kullanılmaktadır. Hangi yöntemin uygulanacağı, kistlerin boyutlarına ve hastanın özelliklerine göre planlanarak seçilmektedir. Yumurtalık kisti ameliyatlarında her zaman sadece kistektomi uygulanmaz; bazen yumurtalık ile birlikte kist de çıkarılabilir, bazen ise hem kist hem de rahim alınabilir. Örneğin, kanser türlerinde yumurtalık kistleri ile birlikte yumurtalık ve rahim tamamen çıkarılmaktadır. Genellikle iyi huylu kistlerde sadece kistin alınması mümkün olmayabilir; kistin etrafında meydana gelen yapışıklıklar ya da yumurtalıklarda sağlam doku tespiti yapılamıyorsa, ameliyat sırasında hem kist hem de yumurtalık birlikte alınır. Kistektomi ameliyatı genellikle yaklaşık 1 saat sürmektedir. Eğer ameliyat laparoskopik yöntemle yapılmışsa, hasta ertesi gün taburcu olabilirken, açık ameliyatta hastane çıkışı 2-3 günü bulabilir.

Kapalı ameliyat yönteminde hastanın göbek deliğinin hemen altında ve kasık bölgesinin yakınında yaklaşık 1 cm boyutunda küçük kesiler açılır ve ameliyat bu kesilerden içeriye sokulan ince çubuklar yardımıyla gerçekleştirilir. Laparoskopik yöntemde kesilerin az olmasından dolayı ameliyattan sonra hasta daha az ağrı hisseder ve iyileşme süreci oldukça kısadır. Bu nedenle mümkün olan her yumurtalık kisti ameliyatında ilk tercih olarak kapalı ameliyat yöntemi tercih edilmektedir. Günümüzde yumurtalık kisti ameliyatlarında sıklıkla laparoskopik ameliyat yapılmaktadır. Ayrıca çikolata kisti, dermoid kistler, over kist torsiyonu, persiste fonksiyonel kistlerin alınmasında da laparoskopik teknik uygulanmaktadır. Ancak kistin boyutu çok büyükse, hastanın kilosu fazla ise, gebelik durumu söz konusu ise veya karın içerisinde aşırı kanama görülüyorsa, kapalı yöntem kullanılamayabilir. Laparoskopik teknikle başlayan bir ameliyatta beklenmeyen yapışıklık, malignite şüphesi veya fazla kanama durumlarında açık ameliyat yapılabilir.

Açık ameliyatta genellikle sezaryen kesi büyüklüğünde, hastanın pubik tüylerinin hemen üstünden yaklaşık 8-10 cm uzunluğunda bir kesi yapılmaktadır. Çok nadir durumlarda, kistin çok büyük olması veya diğer sebeplerden dolayı karın bölgesinde dikine doğru bir kesi yapılabilir. Dikine kesi, pubik tüylerin hemen üstünden göbeğe doğru uzunlamasına 10 cm açılan kesikten yapılır. Açık ameliyat genellikle spinal anestezi veya genel anestezi altında yapılır ve yaklaşık 1 saat sürer, ancak bazı durumlarda 2-3 saat sürebilir.

Ameliyat sırasında tamamen temizlenerek alınan kistlerin çoğunlukla yenileme riski yoktur. Fakat hastanın karşı yumurtalığının alınmaması durumunda tekrar bir kist oluşumu meydana gelebilir. Ameliyatta sadece kistin alınması durumunda, yumurtalıkta yeniden kist oluşma riski gözlenebilir. Özellikle çikolata kisti durumlarında tekrarlama olasılığı en yüksek olan kist türüdür.